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《四十九日祭》结局是黑岩久治最终审判认定日军二级战犯有罪，玉箫因重度感染死在了慰安所，春池在河南大饥荒中丧命，苏菲等人下落不明。

威尔逊医生出庭作证，他指责日军的无耻行径，随后还带着浑身是疤被毁了容的豆蔻出庭，当时红十字会发现豆蔻时，她俨然成了一个血人，被日军轮奸后又刺中三十七刀的豆蔻两个月后换上感染性疾病。日本辩论律师认为这种病症只能在三个月以后才能发病，威尔逊医生斥责他一个外行不要来质疑专业医生的能力。玉墨撩起豆蔻的衣服，把她身上的疤痕给大家看，当场所有的审判员看到这残忍的疤痕都流下了眼泪。威尔逊医生表示当时安全区的所有人都恨自己没有武器，如果他们是军人一定冲上前线与日军拼个你死我活。日方辩论律师抗议威尔逊医生有强烈的个人偏见，而且据他所知豆蔻之前是个妓女，他认为妓女没有资格来指责日军的强奸行为。玉墨承认自己是个妓女，她还被日军抓去做了慰安妇。日方辩论律师大言不惭道慰安妇每月有收入，许多日本女人自愿成为慰安妇来慰劳日军，这也算报效日本的行为，而且玉墨身为一名妓女成为慰安妇也没什么不妥。玉墨质问他为何不让自己的妈妈、姐姐妹妹和女儿去做慰安妇，怎么不让她们去报效祖国，日方辩论律师无言以对，玉墨还把当年孟书娟的胶卷都洗了出来，里面每张照片都是日军惨无人道的屠杀罪证。看到那些照片黑岩久治低下了头，最终审判认定日军二级战犯有罪。玉墨临走时把胶卷都还给孟书娟，让她好好保管，孟书娟谈起玉墨与戴涛的事情，玉墨表示当时所有人都认为他俩私定终身了，可国难当头哪有那些儿女情长。孟书娟此时想到，当时苏菲问她妓女中谁长得最美时，她没有回答，她只是没有承认罢了，在她心里赵玉墨最美。当年法比炸掉教堂后，躲在地道里的妓女们与女学生们把教堂前院从葬坑里的尸体都拽到地道里，随后才从地道爬了出来。后来玉箫因重度感染死在了慰安所，春池在河南大饥荒中丧命，苏菲等人下落不明。